魔法少女奈叶系列漫画的版本很多,本故事将的是:凡的小学3年级女生奈叶,在一次偶然的情况下遇到了来自异世界的尤诺,从而掌握了魔法的力量。在围绕着异世界的神秘遗产的战斗中,她与引领自己得到魔法能力的尤诺成为了好朋友,结识了一起为自己的战斗提供支援的时空管理局的人们,并且与异世界的少女菲特在曾经的战斗中结下深厚的友情。