以由名为Sphere的系统管理日常生活的世界为舞台，讲述主人公们与威胁着系统的Siglos战斗的故事。主人公和泉朔也本来是一名普通的高中生，因为经常上课迟到而被同学一之宫琴音说教。由于父母双亡，他从上高中起，就和义妹和泉灯花过着同居生活。这时的他还不知道，支持着人们生活的Sphere系统正在面临着巨大的威胁，而且能够拯救世界的人正是自己。在被带到Siglos对策局之后，和泉朔也被告知Sphere系统一直都遭受着来自Siglos的威胁。在Sphere内部世界对抗Siglos的正是琴音和灯花。